تعد طائفة الإسماعيلية من أكثر الفرق والمذاهب التي تعرضت للتفكك والتقسيم؛ ولذلك نجد أكثر من فرقة للطائفة منها.
1- المستعلية "البهرة"
ويُسمّون الإسماعيلية المستعلية أو الطيبيين نسبة إلى المستعلي الفاطمي، وخضعت الجماعة المستعلية لقيادة سلسلة من الدعاة المقيمين في اليمن، ثم تحولوا إلى الهند في العام 1539، وقد حافظت البهرة- كما صارت تسمى- على ثقافة ذات نزعة طقوسية تقليدية مميزة، وعلى تماسكها كجماعة اتصفت بالفكر التحديثي.
وقد شهدت البهرة حالة من الصعود في القرن التاسع عشر بفضل الحماية البريطانية لهم، وانتقل مقر قيادتهم إلى مومباي، واندمجوا بعد الاستقلال مع المسلمين الهنود، وآثروا البقاء في الهند على الهجرة إلى باكستان، والإمام الحالي للبهرة هو الداعي الثاني والخمسون محمد برهان الدين الثاني، وتركز البهرة على الهوية الفاطمية، ويستلهمون حضارتها وطابعها المعماري، وهم يشكّلون اليوم طبقة واسعة من التجار (البهرة تعني التاجر) والمهنيين في الهند.
وينقسمون إلى:
أ- البهرة السليمانيين أو المكارمة والتي اتبعت خطًا مختلفًا من الدعاة بدءًا من الداعية السابع والعشرين في سلسلة دعاتهم في العام 1597م، ويتركز معظمهم اليوم في منطقتي نجران في السعودية وفي حراز في اليمن، ولهم وجود في الهند.
ب- البهرة العلويون الذين اتبعوا خطًا مستقلاً من الدعاة بدءًا بالداعية التاسع والعشرين 1631، ومقر قيادتهم اليوم في مدينة فادودارا الهندية، وداعيهم الحالي هو طيب ضياء الدين وهو الداعي الرابع والأربعون في خط الوراثة، وأكثرهم يعملون في التجارة ولديهم مكتبة تضم 450 مخطوطة إسماعيلية، ولا يكادون يختلفون عن البهرة الداوديين في شيء.
2- السبعية
أحيانا ما يستخدم لفظ السبعية للدلالة على الإسماعيلية في عمومهم لاختلافهم مع باقي الشيعة على الإمام السابع، إلا أن السبعية تدل على الأخص على جماعة الإسماعيلية الذين آمنوا بأن محمد بن إسماعيل الملقب بالمكتوم هو الإمام الغائب، أي المهدي الذي سيظهر يوما ليقيم الدعوة، أي أن محمد بن إسماعيل عند السبعية- وفق هذا الاصطلاح هو آخر الأئمة ولا يعترفون بأحد بعده.
وعاش محمد بن إسماعيل جُلَّ حياته متخفيا- أي في الغيبة الصغرى- اتّقاءً لشر العباسيين الذين كانوا يسعون لاكتشاف هوية الإمام لقتله لإخماد ثورة العلويين كما كانوا ينعتون شيعة عليّ كلّهم، وكان على الإمام المستور أن يتواصل مع جمهور الشيعة عبر رجل لا يَعرِف سواه هوية الإمام هو الداعي، توالى على وظيفة الداعي أربعة رجال هم الوافي أحمد، ثم خلفه ابنه التقي محمد، ثم خلفه ابنه حسين الملقب الزكي عبد الله، ثم خلفه ابنه عبد الله بن حسين. على مر التاريخ الإسماعيلي، لعب الدعاة دورا بالغ الأهمية في توجيه حركة الدعوة والإمامة.
وبعد اختفاء محمد بن إسماعيل- بموته على الأرجح- اعتقد أغلب الإسماعيلية أنه غاب الغيبة الكبرى، وهي العقيدة التي أوصلت إلى ظهور القرامطة لاحقا، بينما قبلت فئة منهم موت الإمام محمد بن إسماعيل واتصال الإمامة في نسله وهم من شكلوا نواة الفاطميين.
وبالرغم من أن الإسماعيلية ينتسبون إلى إسماعيل بن محمد إلا أنه في التقليد الفاطمي، وهو التقليد الأقدم الذي تفرعت عنه كل الفرق الأخرى غير السبعية حسب التعريف أعلاه، فإن ابنه محمد يعد هو الإمام السابع وتيار السبعية انتهى من العالم مبكرا وانضوى أتباعه تحت الفرق الإسماعيلية الأخرى، ولم يعد أحد يؤمن بهذه العقيدة اليوم.
3- القرامطة
استقر أغلب الإسماعيلية الذين آمنوا بغيبة محمد بن إسماعيل في السلمية في سوريا، وانتشرت دعوتهم في الأهواز حيث اعتنقها رجل يدعى حمدان بن الأشعث على يد حسين الأهوازي، ولُقب حمدان بقرمط وأخذ يدعو مع زوج أخته عبدان إلى قرب ظهور المهدي وشرع بالاستعداد عسكريا لنصرته عندما يظهر، فانتشرت الدعوة واجتذبت المزيد من الشيعة.
وعندما جهر عبيد الله المهدي أنه الإمام وخرج من دور الستر عارضه قرمط، إلا أنه تاب وانضم إليه داعية له بعد مقتل عبدان، مع هذا احتفظت الحركة القرمطية باسمها، وانتهز القرامطة اضطراب السلطة في بغداد إثر ثورة الزنج واجتاحوا شبه الجزيرة العربية في ثورة عارمة قمعها العباسيون لاحقا، وطالت آثارها شمال إفريقيا.
4- الدروز الموحدون
بدأت الدرزية كتيار فكري في المذهب الإسماعيلي متأثرة بالفلسفة اليونانية والغنوصية، نابذة بعض العقائد التي كانت سائدة في ذلك الوقت. وقد تأسس على يد حمزة بن علي بن أحمد الذي كان متصوفا وفقيها إسماعيليا فارسيا، وعندما قَدِمَ إلى مصر وبدأ يدعو إلى مذهبه نال تأييد الإمام السادس عشر الخليفة الفاطمي الحاكم بأمرالله، ولاحقا أصبح الحاكم ذاته شخصية محورية في فكر الموحدين، وبعد اختفاء الحاكم بأمر الله أعلن الداعي بهاء السموقي انتهاء فترة الإمامة وإغلاق الدعوة.
وبالرغم من أن الحاكم قد أعدم الرجل الذي نُسبت إليه العقيدة وهو أنوشتكين الدرازي بسبب غُلوّه، وبالرغم من أن الدروز ذواتهم يعدونه مهرطقا، غير أنهم ظلوا يُنسبون إليه، وإن كانوا هم يسمون أنفسهم الموحدين.
لاحقا تطورت عقيدة الدروز على نحو يختلف عن باقي الفرق الإسماعيلية والإسلامية عموما بحيث أصبح من المختلف عليه بين مقارني الأديان؛ كون الدرزية تنضوي تحت الإسلام أم أنها خرجت عنه لتصبح دينا مستقلا.
5- المباركيون
كان العلويون، يصطفون الإمام وفق مبدأ "الرضا من آل محمد" أي من يرتضيه المسلمون من نسل الرسول محمد عبر ابنته فاطمة الزهراء وزوجها علي بن أبي طالب، ولم تكن الإمامة وراثية، إلا أن الواقع كان يجري بأن يكون الإمام الجديد ابنا للإمام السابق وإلى أن تنحصر الإمامة عمليا في أبناء حسين بن علي، وكل ذلك أدى أحيانا إلى نزاعات بين جمهور الشيعة، مثل ذلك الذي كان قد انتهي بانشقاق الزيدية عندما اختلفوا على الإمام الخامس.
وكانت جموع الناس قد شهدت موت إسماعيل بن جعفر الصادق، في حياة أبيه. إلا أنه بعد موت جعفر الصادق بن محمد ادعت جماعة أنه كان قد أقام لابنه إسماعيل جنازة وهمية أعلن فيها موته لإبعاد نظر العباسيين عنه، وأن إسماعيل الملقب بالمبارك لم يكن قد مات وقتها وإنما كان قد احتجب وأقام الدعوة في الستر.
وقبلت فئة من الشيعة أن إسماعيل كان قد مات، وأن الإمامة مع ذلك ينبغي أن تكون لا في موسى بن جعفر الأخ الأصغر لإسماعيل بل في محمد بن إسماعيل الذي كان على اتصال بواسطة داعيهِ بالمباركيين (الإسماعيلية) وأغلبهم كان موجودا في الكوفة.
ومن فرق الإسماعيلية الأغا خانية والداودية والسليمانية والعلوية.