ألّف محمد باقر الصدر العديد من الكتب القيمة في مختلف حقول المعرفة، وكان لها دور بارز في انتشار الفكر الإسلامي على الساحة الإسلامية وهذه الكتب هي:
1 ـ فدك في التاريخ: وهو دراسة لمشكلة ( فدك ) والخصومة التي قامت حولها في عهد الخليفة الأول.
2 ـ دروس في علم الأصول الجزء الاول.
3 ـ دروس في علم الأصول الجزء الثاني.
4 ـ دروس في علم الأصول الجزء الثالث.
5 ـ بحث حول المهدي: وهو عبارة عن مجموعة تساؤلات مهمة حول الإمام المهدي ( عجل الله فرجه الشريف )
6-نشأة التشيع و الشيعة.
7- نظرة عامة في العبادات.
8 ـ فلسفتنا: وهو دراسة موضوعية في معترك الصراع الفكري القائم بين مختلف التيارات الفلسفية، وخاصة الفلسفة الإسلامية والمادية والديالكتيكية الماركسية.
9 ـ اقتصادنا: وهو دراسة موضوعية مقارنة، تتناول بالنقد والبحث المذاهب الاقتصادية للماركسية والرأسمالية والإسلام، في أسسها الفكرية وتفاصيلها.
10 ـ الاسس المنطقية للاستقراء: وهي دراسة جديدة للاستقراء، تستهدف اكتشاف الأساس المنطقي المشترك للعلوم الطبيعية وللايمان بالله تبارك وتعالى.
11 ـ رسالة في علم المنطق: اعترض فيها على بعض الكتب المنطقية، ألفها في الحادية عشرة من عمره الشريف.
12 ـ غاية الفكر في علم الأصول: يتناول بحوثا في علم الأصول بعشرة أجزاء، طبع منه جزء واحد، ألفه عندما كان عمره ثماني عشرة سنة.
13 ـ المدرسة الإسلامية: وهي محاولة لتقديم الفكر الإسلامي في مستوى مدرسي ضمن حلقات متسلسلة صدر منها:
أ ـ الإنسان المعاصر والمشكلة الاجتماعية.
ب ـ ماذا تعرف عن الاقتصاد الإسلامي؟
14 ـ المعالم الجديدة للأصول: طبع سنة 1385 هـ لتدريسه في كلية أصول الدين.
15 ـ البنك اللاربوي في الإسلام: وهذا الكتاب أطروحة للتعويض عن الربا، ودراسة لنشاطات البنوك على ضوء الفقه الإسلامي.
16 ـ بحوث في شرح العروة الوثقى: وهو بحث استدلالي بأربعة أجزاء، صدر الجزء الأول منه سنة 1391 هـ.
17 ـ موجز أحكام الحج: وهو رسالة عملية ميسرة في أحكام الحج ومناسكه، بلغة عصرية صدر بتاريخ 1395 هـ.
18 ـ الفتاوى الواضحة: رسالته العملية، ألفها بلغة عصرية وأسلوب جديد.
19 ـ بحث فلسفي مقارن بين الفلسفة القديمة والفلسفة الجديدة: ألفه قبيل استشهاده ولم يكمله، تحدث فيه حول تحليل الذهن البشري، ومن المؤسف جداً أن هذا الكتاب مفقود ولا يعرف أحد مصيره.
20 ـ بحث حول الولاية: أجاب السيد في هذا الكتاب عن سؤالين، الأول: كيف ولد التشيع؟ والثاني: كيف وجدت الشيعة؟
21 ـ تعليقة على الرسالة العملية لآية الله العظمىالسيد محسن الحكيم ( قدس سره )، المسماة ( منهاج الصالحين ).
22 ـ تعليقة على الرسالة العملية لآية الله العظمى الشيخ محمد رضا آل ياسين، المسماة ( بلغة الراغبين )
23 ـ المدرسة القرآنية : وهي مجموعة المحاضرات التي ألقاها في التفسير الموضوعي للقرآن الكريم.
24 ـ الإسلام يقود الحياة: ألف منه ست حلقات في سنة 1399 هـ، وهي:
1 ـ لمحة تمهيدية عن مشروع دستور الجمهورية الإسلامية في ايران.
2 ـ صورة عن اقتصاد المجتمع الإسلامي.
3 ـ خطوط تفصيلية عن اقتصاد المجتمع الإسلامي.
4 ـ خلافة الانسان وشهادة الأنبياء.
5 ـ منابع القدرة في الدولة الإسلامية.
6 ـ الأسس العامة للبنك في المجتمع الإسلامي.