وخرجت الكثير من ردود الأفعال المنددة بالحكمة وتحمل لهجة "القلق" والإدانة، وستتولي الجماعات والأحزاب ووسائل الإعلام القريبة والصديقة لإيران نبرة هجومية وانتقادية ضد السعودية، كما حدث إبان تصديق الحكم عليها وتكرارا لمشهد اعتقال القيادي الشيعي في نيجيريا إبراهيم الزكزاكي.
فقد اعتبر النائب عن ائتلاف دولة القانون "الائتلاف الشيعي الحاكم في العراق" محمد الصيهود، السبت، أن تنفيذ حكم الاعدام بحق نمر باقر النمر يراد منه "إشعال المنطقة" من جديد، مبيناً أن إعدام النمر هو دليل على دعم "آل سعود للتيارات التكفيرية".
فيما استنكر، الأمين العام لمنظمة بدر الشيعية في العراق، هادي العامري، إقدام السلطات السعودية على إعدام العالِم الديني الشيخ نمر باقر النمر.
كما ندد رئيس «حزب التوحيد العربي» في لبنان المقرب من إيران وحزب الله، الوزير السابق وئام وهاب، بإقدام سلطات آل سعود علی إعدام النمر، علی خلفية معتقده الديني ومواقفه السياسية، واصفًا هذه الخطوة بأنها "جريمة سعودية جديدة". على حد قوله.
كما استنكر المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى في لبنان جريمة إعدام الشيخ نمر باقر.
واستنكر نائب رئيس "مجلس وحدة المسلمين في باكستان" السيد شفقت الشيرازي، إعدام الشيخ نمر باقر النمر، معتبراً قرار الإعدام تحدٍّيًا لمشاعر ملايين المسلين، مضيفًا أن تظاهرات جماهيرية ستنطلق عصر اليوم في باكستان استنكاراً لتنفيذ حكم الإعدام.
وأكد النائب الكويتي صالح عاشور أن "الشيخ نمر باقر النمر لم يقتل أي شخص ولم يفجر أي مكان، وهو فقط طالب بالحرية والحقوق، وكان سلاحه الكلمة واللاعنف، ودفع ثمن شجاعته في زمن قل من أمثاله".
ونظم العشرات من الإيرانيين تظاهرة أمام السفارة السعودية في طهران، كما عبر الإعلام الإيراني عن غضبه لتنفيذ حكم الإعدام بحق رجل الدين الشيعي نمر باقر النمر، ضمن 47 إرهابيًّا شاركوا في عمليات تنظيم "داعش"، وفقا لبيان الداخلية السعودية. ووصفت وسائل الإعلام الإيرانية رجل الدين الشيعي بـ"الشهيد المجاهد"، الذي عرف بحراکه السلمي المشفوع بالمنطق والإيمان والدفاع عن المظلومين والمحرومين، وقالت إنه اليوم يدفع ضريبة معارضته، حسب زعمها.
واعتبر عضو مجلس الأمن القومي في البرلمان الإيراني حسين نقوي: جريمة إعدام الشيخ النمر أسوأ من جرائم "داعش".
كما أكد المرجع الشيعي آية عباس الكعبي عضو مجلس خبراء القيادة في إيران، أن "دم الشهيد الشيخ نمر النمر سيفعّل قضية مكافحة الاستبداد في المنطقة، وهي نقطة بداية للعدّ العكسي للحكومات العميلة والمُجرمة في المنطقة". بحسب قوله.
ودعا عضو مجلس خبراء القيادة في الجمهورية الإسلامية في إيران آية الله السيد أحمد خاتمي منظمة التعاون الإسلامي لاتخاذ موقف تجاه الجريمة التي أقدم عليها النظام السعودي اليوم بإعدام عالم الدين البارز الشيخ نمر باقر النمر.
وحملت تصريحات آية الله خاتمي، لوكالة أنباء "فارس"، تهديدًا صريحًا للسعودية بإحداث الفتن، قائلًا: إن "التجربة أثبتت أن مثل هذه الاستشهادات تشكل المحرك للحركات المقدسة"، معربًا عن ثقته بأن "المسلمين الشيعة في السعودية سيحوّلون نهار آل سعود إلى ليل مظلم".
وقال: "إننا نطلب من الجهاز الدبلوماسي في البلاد اتخاذ موقف حازم بهذا الصدد"، وتابع: "من المتوقع من الحوزات العلمية والمراكز الجامعية في البلاد الاحتجاج والغضب المقدس تجاه هذه الجريمة". وقال: "إنني آمل من العالم الإسلامي العمل في هذا المجال، بما يجعل هذا النظام الإجرامي يندم على ارتكاب جريمته هذه".
كما وعلى المستوي الرسمي الإيراني، استنكر علاء الدين بروجردي رئيس لجنة الأمن القومي في البرلمان الإيراني، بشدة الجريمة النكراء التي ارتكبتها السلطات السعودية بحق عالم الدين نمر باقر النمر، واصفًا إياها بالعمل غير المنطقي والإنساني.
وأكد بروجردي لقناة العالم صباح اليوم السبت، أنه ستكون هناك عواقب كبيرة لهذه الكارثة (جريمة إعدام الشيخ النمر)، مشيرًا إلى أن الحكومة السعودية عليها أن تتحمل المسئولية، وتكون بمرتبة الإجابة على هذه الجريمة.
فيما اعتبر وزارة الخارجية الإيرانية، أن إعدام النمر سيكلف السعودية ثمنًا باهظًا.