تعاطف في بداية حياته مع تنظيمات يسارية مثل حركة 23 مارس، كما اقترب من حزب الاتحاد الوطني للقوات الشعبية الاشتراكي، في الوقت نفسه تقريبًا الذي كان يتردد فيه علي حزب الاستقلال.

اكتمل في عهده تأسيسها وتنظيم هيكلها الإداري، ووضعت اللوائح والقوانين الداخلية، وأُسس لها مجلس شورى، دعم العمل النسوي التئامًا مع مشروعه لتطبيع وضعية الحركة في المجتمع المغربي على أساس وحدة العضوية (حيث لا فرق بين الشروط للرجل والمرأة) ووحدة التنظيم، (حيث تشاركه النساء في كل هيئات الحركة بدلاً عن إقامة تنظيم منفصل لهن) والعمل المشترك (حيث يعمل الرجال والنساء بطريقة تشاركية)، واجتمعت أول مجموعة أخوات عام 1986 في بيته بحي الليمون في الرباط، مشكلّة نواة أول تجمع نسوي للحركة، وفي بيته أيضاً انعقد أول مؤتمر نسوي للحركة، فبرزت الحركة تحت رئاسته من تنظيم سري قيد الملاحقة لتصبح علنية لها مقرات وصحف وحزب سياسي وعضوية منظمة تقدر بنحو عشرة آلاف.

تولى مع نائبه عبد الله بها عام 1990 وضع وثيقة تقبل فيها الحركة بالنظام الملكي بل وتقر فيها بإمارة المؤمنين التي تؤسس للشرعية الدينية للملك ونظامه من أجل إقرار الشرعية الدينية للملك، مما يلزمه بهذه الشرعية التي تسوغ للحركة الإسلامية مساءلته عليها ومحاولة إلزامه العمل بمقتضاها: فرأيه أنّه إذا كان النظام الملكي هو الضامن لوحدة التراب المغربي فإن إمارة المؤمنين هي الضامن لإسلامية الدولة وعدم انحرافها أو سقوطها في براثن الأطروحات العلمانية الداعية للتخلص من أي مرجعية دينية. وجلبت الوثيقة معارضة شرسة من المكتب التنفيذي للحركة، فوضع بنكيران وبها استقالتهما تحت تصرف قيادة الحركة، لكنها انتهت إلى القبول بالوثيقة بعد إعادة صياغتها.

يرى أن مهمة الحركة الإسلامية المشاركة في إقامة الدين دون أن يتوقف ذلك على الوصول إلى السلطة، وأنها إذا طلبت الحكم – ولو لإقامة الدين – فسيجري عليها ما يجري على الساسة والحكام، فيرى أنّ الوصول إلي السلطة يأتي تتويجا لتغير المجتمع.

يعد شخصية مثيرة للجدل، اتهمه البعض بالتساهل مع الدولة، ويبرر مؤيدوه تلك الاتهامات بأنها نتاج نمطه المؤسسي غير الكاريزمي للقيادة، والإسراع بالحركة نحو أفكار ومبادرات متقدمة وصعبة، ونزع الفتيل بين الحركة الإسلامية والدولة. يعارض بنكيران نمط «القيادة الأبوية» (أنه لا يمكن للإنسان السير إلي الله إلا بشيخ أو مرشد) وهو النمط الذي يتبعه عبد السلام ياسين (مؤسس ومرشد جماعة العدل والإحسان).

وبعد ترك بنكيران لرئاسة الحكومة أصبح عضوا قياديا في حزب العدالة والتنمية حيث أنه في 26 نوفمبر 2017، أنهى المجلس الوطني لحزب العدالة والتنمية المغربي، الجدل حول منح عبد الإله بنكيران ولاية ثالثة للأمانة العامة للحزب، وتعيش حكومة حزب العدالة والتنمية، برئاسة سعد الدين العثماني، في أزمة حقيقية تشهدها المغرب في الوقت الحالي، مما يهدد استمرارها في ظل ارتفاع موجة الغضب الشعبي ضد سياسة "حكومة العثماني".

وقال موقع "هسبريس" المغربي، إن "المجلس الوطني للحزب صوت ضد تعديل المادة 16 والتي تمنح الأمين العام الحالي عبد الإله بنكيران إمكانية التوجه للمؤتمر الوطني المقبل للحصول على ولاية ثالثة على رأس الأمانة العامة للحزب".

وبحسب الموقع المغربي، فقد "صوت لصالح تعديل المادة 101 عضو من الحزب من مناصري بنكيران، فيما صوت ضد التعديل 126 من معارضي التثليث له، ليتم بذلك الحفاظ على المادة دون تعديل".

ويأتي تصويت برلمان الحزب ضد تعديل النظام الأساسي الذي يسمح بولاية ثالثة لبنكيران بعدما سبق أن صوتت لجنة الأنظمة والمساطر على تغيير المادة 16 بأغلبية أعضائها، وأحالتها إلى دورة المجلس الوطني.

يذكر أن، المادة 16 تنص على أنه "لا يمكن لأي عضو أن يتولى إحدى المسؤوليات الآتية لأكثر من ولايتين متتاليتين كاملتين: الأمانة العامة، رئيس المجلس الوطني، الكاتب الجهوي، الكاتب الإقليمي، الكاتب المحلي".