ويعاني مسيحي السودان من اضطهاد من قبل حكومة الرئيس عمر البشير، حيث تحظر بناء أي كنائس جديدة في البلاد.
فقد كد رجل الدين المسيحي السوداني، ميلاد موسى، أن حكومة الخرطوم تخطط لهدم 25 كنيسة في شرق النيل والخرطوم، بتهمة التعدي على ممتلكات الغير من خلال إنشائهم بمناطق سكنية.
ونقل موقع "راديو تامازوج" السوداني عن موسى، العضو بالكنيسة المسيحية السودانية، أن "السلطات في الخرطوم رفضت الموافقة للمسيحيين على بناء دور عبادة لهم مثل المسلمين".
وقال إن المسيحيين في السودان يشترون الأراضي بصفة شخصية ليتم بناء الكنائس عليها داعيا الحكومة لاحترام حقوق المسيحيين في السودان.
وتواجه الحكومة تهما باستهداف الكنائس عن عمد فيما تعتبر قرارات هدمها انتهاكا صارخا للحرية الدينية للمسيحيين.
كما جاءت محاكمة اثنين من القساوسة في الخرطوم ، في يونيو 2015، وهما الأبوان "يات ميشيل" و"بيتر ين" بعدة تهم، أبرزها شن حرب ضد الدولة والتجسس لصالح أعدائها. وقد أثارت هذه القضية اهتمام المنظمات المسيحية التي تعنى بالدفاع عن حقوق المسيحيين، حيث أعلنت أن السبب الحقيقي والعامل الأساسي في هذه القضية هو العنصرية والتحيز الديني، خاصةً وأن السودان دولة إسلامية وتحرص على الحكم بالشريعة الإسلامية.
من جانبها، أعلنت منظمة العفو الدولية آنذاك في بيان رسمي لها، عبر وسائل الإعلام العالمية والمحلية، أن القس ميشيل قبض عليه في ديسمبر/ عام 2014 بعد أن ألقى عظة في إحدى الكنائس شمالي الخرطوم، أثار خلالها المخاوف بشأن معاملة المسيحيين في السودان.
وقال الأب "توت كوني"، راعي الكنيسة الإنجيلية المشيخية في جنوب السودان، إن "القبض على كلا القِسين ليس شيئا جديدا على كنيستنا". وأضاف: "جميع القساوسة تقريبا سُجِنوا في ظل حكومة السودان، وهذه هي عادتهم لهدم الكنيسة. إننا لسنا مندهشون، هذه هي الطريقة التي يتعاملون بها مع الكنيسة." وتعتبر منظمة العفو الدولية أن هذين الرجلين هما "سجينا رأي قُبِض عليهما واعتُقلا واتُّهِما؛ فقط بسبب تعبيرهما السلمي عن قناعتهما الدينية".
وفي وقت سابق دعا المركز الامريكى للقانون والعدالة (ACLJ) الى تركيز الانتباه الدولى على اضطهاد المسيحيين فى السودان .
وكان المركز الامريكى يعلق على هدم سلطات حكومة المؤتمر الوطنى للكنيسة الانجيلية اللوثرية بأم درمان الثورة الحارة (29) ، 21 أكتوبر 2015 .
وأشار المركز الى هدم عدد من الكنائس الاخرى فى السودان مؤخراً ، وأورد نقلاً عن تقرير وزارة الخارجية الامريكية السنوى عن الحرية الدينية العالمية 2015 ،( ان (11) كنيسة على الاقل هوجمت بواسطة المسؤولين الحكوميين وآخرين) ، فى السنوات القليلة الاخيرة ، واشار الى المعارك القضائية التى حاولت فيها الحكومة السودانية مصادرة ممتلكات الكنيسة الانجيلية ببحرى والكنيسة الانجيلكانية ، وأدى ذلك ايضاً الى اعتقال (37) من المصلين ، اضافة الى الملاحقات والاعتقالات ، كسجن مريم اسحق ابراهيم التى كانت تنتظر حكم الاعدام بسبب دينها ، واعتقال ومحاكمة القسيسيين مايكل وبيتر الصيف الماضى . وأضاف التقرير ( ان حكومة السودان بقيادة الرئيس عمر حسن البشير لا تزال منخرطة فى انتهاكات صارخة ممنهجة ومستمرة لحرية المعتقد والدين . هذه الانتهاكات نتيجة لسياسات الرئيس البشير عن الاسلمة والتعريب).
وأضاف المركز ان وزير الشؤون الدينية والاوقاف السودانى اعلن رسمياً فى ابريل 2014 انه لن يسمح بمنح تراخيص لبناء كنائس جديدة .
وأكد المركز انه عندما تركز انتباه العالم على قضايا مريم والقسيسيين مايكل وبيتر سادت العدالة ، والآن اذ تحول الكنائس المسيحية الى انقاض ( يجب علينا مواصلة المناصرة فى كل العالم للكنائس المضطهدة التى انتهكت حقوقها المعترف بها دولياً بواسطة المسؤولين الحكوميين).
هناك واحدة من الحالات التي تابعها العالم، هي الحكم بإعدام مريم إبراهيم، بعد أن قال شقيقها إنها ارتدت عن الإسلام، قبل إلغاء الحكم في نهاية المطاف، وفرارها من البلاد. وفي كلمة شهيرة له في أواخر عام 2010، قال الرئيس السوداني عمر البشير: "إنه بعد انفصال جنوب السودان فإنه "لن يكون هناك مجال للحديث عن تنوع عِرقي وثقافي". واعتُبر ذلك تهديدا مباشرا لأولئك الذين لم يتبنوا السياسات الإسلامية للنظام، وجميع أولئك الذين لم ينحدروا من الجماعات العرقية المهيمنة من الخرطوم والمناطق القريبة منها.