رغم ان سياسات الجمهورية الإيرانية  المحلية مناهضة للسنة بشكل عام، الا انه لم يكن لدى إيران مشكلة في إقامة تحالفات إستراتيجية وتكتيكية مع المنظمات السنية ما دامت تخدم مصالحها الخارجية . ويمثل تعاون إيران مع الإخوان المسلمون، أحد أكبر التنظيمات السنية في العالم، والذي يحمل أيضا خلافات أيديولوجية مع الجمهورية الإسلامية. فلم يرحب فقط الإخوان المسلمون بظهور الجمهورية الإسلامية في إيران في أعقاب ثورة 1979، ولكن إيران احتفت أيضا بحماس بالغ بصعود الإخوان المسلمين في مصر ليس هذا فقط بل شاهدنا التقارب القطري الايراني في ظل الأزمة العربية مع قطر.

الإخوان المسلمون ينظرون إلى الجمهورية الإسلامية في 1979 باعتبارها نصرا لرؤيتهم، وأول حكومة إسلامية منذ انهيار الخلافة العثمانية، فقد أيدت جماعة الإخوان المسلمين الثورة الإسلامية في إيران منذ اندلاعها  لأنها قامت ضد نظام حكم الشاه رضا بهلوي الذي كان منحازاً للعدو الصهيوني. فإن إيران تنظر أيضا إلى تصدير الإخوان المسلمين للثورة باعتباره نجاحا.

بعد وصول الخميني للسلطة في إيران بيوم11 شباط1979 ،كانت من أوائل الطائرات التي وصلت مطار طهران واحدة تحمل وفداً يمثل قيادة التنظيم العالمي للإخوان المسلمين وتناقلت الألسن وسط المعارضة السورية آنذاك أخبار بأن الوفد طرح على الخميني مبايعته خليفة للمسلمين إن قبل ببيان يصدره يقول ”بأن الخلاف على الإمامة في زمن الصحابة مسألة سياسية وليست ايمانية”. تقول الرواية بأن الخميني تريث ووعدهم بالإجابة لاحقاُ، وعندما صدر الدستور الجديد للجمهورية الإسلامية الإيرانية الذي يقول بـ ”المذهب الجعفري مذهباً رسمياً … وبولاية الفقيه نائباً عن الإمام الغائب”، كان من الواضح ماهي إجابة الخميني.

مع هذا ،كان الاخوان المسلمون في مصر مستمرون على تأييد الحكم الجديد الإيراني، وقد سيَروا مظاهرات كبرى ضد استضافة الرئيس السادات لشاه إيران في مصر، ثم أيدوا إيران في حربها ضد العراق، وفي عدد مجلة ”كرسنت”،المسلمة الكندية، بتاريخ 6 كانون أول 1984  يقول المرشد العام للجماعة عمر التلمساني:” لا أعرف أحداً من الاخوان المسلمين في العالم يهاجم إيران”. كان هناك استثناءات لهذا عند الفرع الاخواني السوري الذي كان خارجاً للتو من مواجهة ضارية (1979-1982) مع نظام الحكم السوري الحليف لإيران، وإن كان هذا ليس رسمياً، وإنما في كتابات لأحد قيادات الاخوان في سوريا هو الشيخ سعيد حوا.

عند وفاة الخميني يوم 4 يونيو 1989 أصدر المرشد العام لجماعة الاخوان المسلمين حامد أبو النصر نعياً تضمن الكلمات التالية: ”الاخوان المسلمون يحتسبون عند الله فقيد الإسلام الإمام الخميني، القائد الذي فجر الثورة الإسلامية ضد الطغاة”. في عهد علي الخامنئي، الذي أصبح “مرشداً” في مرحلة ما بعد وفاة الخميني، أصبحت نظريات سيد قطب تدرس في مدارس الإعداد العقائدي ل(الحرس الثوري الايراني)، كما برز نفوذ لمرجعيات دينية مثل آية الله مصباح يزدي، وهو الأستاذ الروحي لأحمدي نجاد، لا تخفي إعجابها بسيد قطب وتأثرها به.

ووصل الأمر أن قام «خامنئى» بنفسه بترجمة كتابين لـ«سيد قطب» إلى اللغة الفارسية عام 1979 وكانت الثورة الإيرانية توشك أن تضع أوزارها.. أما «على أكبر ولايتي» الأمين العام للمجمع العالمي للصحوة الإسلامية ومستشار «خامنئى» في مقابلة له مع وكالة أنباء مهر الإيرانية: «طبعا كان لإيران ومصر أثرا متبادلا، فكما كان للسيد جمال الدين دور في نشوء الصحوة الإسلامية في مصر وبروز شخصيات من قبيل المرحوم الشيخ محمد عبده وعبدالرحمن الكواكبي ورشيد رضا، فكذلك ترك الإخوان المسلمون في وقتهم أثرا على الحركات الإسلامية في إيران.. إن سماحة قائد الثورة قام قبل الثورة بترجمة عدد من كتب سيد قطب إلى الفارسية، وبعد الثورة أيضا تمت ترجمة كتاب ولاية الفقيه للإمام الخمينى إلى العربية، حيث ترك أثرا مهمًا في الصحوة الإسلامية بالعالم العربي خاصة مصر»!.

في محطات (البرنامج النووي الإيراني)،المستأنف تخصيبه منذ أغسطس 2005، وفي حرب 2006، كان تأييد جماعة الاخوان المسلمين، على لسان ”المرشد العام”  

اجتمع محسن اراكي ، ممثل المرشد الإيراني علي خامنئي، مع نائب مرشد جماعة الإخوان الإرهابية، إبراهيم منير، على هامش ما يسمى بـ"مؤتمر الوحدة الإسلامية"، الذي نظمه المجمع العالمي للتقريب بين المذاهب الإسلامية في العاصمة البريطانية لندن في 26 يوليو 2017، بدعوى بحث مكافحة الإرهاب والتقريب بين المذاهب الإسلامية ودعم الحركات التقريبية في مختلف مناطق العالم الإسلامي.

والمجمع، الذي يتولى أراكي منصب أمينه العام، هو هيئة إيرانية، تستهدف اختراق المجتمعات العربية تحت لافتة "التقريب بين المذاهب الإسلامية"، وأسسه المرشد الأعلى الإيراني علي خامنئي في طهران عام 1990م، وتم تأسيس مركز له في بريطانيا على يد محسن أراكي، وتسعى إيران إلى تأسيس مراكز عدة له في دول مختلفة.

وذكرت وكالة أنباء "القرآن الدولية" الإيرانية (إيكنا) أن محسن أراكي اجتمع على هامش المؤتمر بعدد من مسؤولي تنظيم الإخوان الإرهابي، على رأسهم إبراهيم منير، نائب مرشد جماعة الإخوان الإرهابية، وجمال بدوي، أحد الأعضاء المؤثرين في جماعة الإخوان الإرهابية.

وأكد الجانبان، خلال اللقاء، على تعزيز التعاون بين إيران وجماعة الإخوان، لا سيما في مصر، تحت لافتة "التعاون العلمي بين الحوزات الشيعية والمذهب السني في مصر" -وفقًا لما ذكره الموقع الرسمي لمحسن أراكي.

كما اجتمع "أراكي" مع فوزي سيدو، نائب مفتي روسيا في الشؤون الآسيوية، حيث اتفقا على تأسيس مركز للتقريب بين المذاهب في روسيا تحت إشراف المجمع الإيراني العالمي للتقريب بين المذاهب، حسبما ذكرت وكالة أنباء إيكنا الإيرانية.

ثم التقى يوسف مشريه، رئيس اتحاد خطباء وعلماء دول الساحل الغربي لإفريقيا، الذي دعاه "أراكي" للسفر إلى إيران للتعرف أكثر على فعاليات المجمع التقريبي، وأعلن عن استعداد إيران للتعاون مع اتحاد خطباء وعلماء دول الساحل الغربي لإفريقيا من أجل نشر وجهات النظر التقريبية بين شعوب غرب إفريقيا.

واجتمع "أراكي" مع أحمد إدريسي، وهو أستاذ بجامعة فرنسا ورئيس معهد الاستشراق ومعهد الغزالي، وتبادلا الحديث حول الأنشطة الإسلامية والتقريبية في فرنسا، ورحب "إدريسي" بمقترح تأسيس مركز تقريبي في فرنسا ليكون تحت إشراف المجمع.