جيش النقشبندية لم يكن معترفاً به على نطاق واسع أثناء السنوات الأولى من التمرد في 2003 إلى 2005.. لكن كانت هناك إشارات صغيرة عن استخدام الهوية النقشبندية كمبدأ تعبوي.. بدأت في الظهور عام 2005 عندما ظهرت كتائب تمرد في محافظتي الموصل وكركوك حاملة اسم الشيخ عبد القادر الكيلاني، مؤسس الطريقة القادرية في الصوفية المرتبطة بالنقشبندية.
منهج جيش النقشبندية على الآتي:
- الجهاد منطلق شرعي؛ إذ الجهاد من الواجبات الدينية وهو فرض عين بل وفرض الوقت المتقدم للعراقيين، لمواجه قوى الاحتلال للعراق.
- هدف العمليات العسكرية لجيش رجال النقشبندية قوات الاحتلال الأمريكي.
- لا يستهدف أي عراقي على اختلاف قومياته وأديانه ومذاهبه إلا من يقدم نفسه أمام جند الكفر في سوح الوغى ليعتدي على العراقيين ويحمي بصدره صدر سيده الكافر، أو في حال الدفاع عن النفس فهذا حق نحتفظ به.
- لا يكفر أي مسلم من أهل القبلة (أهل لا اله إلا الله) إلا وفق الثوابت الشرعية من الكتاب والسنة وإجماع المسلمين (أي إذا كفر كفرا بواحا)، وليس بالشبهات والأهواء وما اختُلِف فيه.
- تتعاون مع أي الفصائل المقاتلة (الجهادية) طالما أن جميع البنادق توجه إلى صدور الأعداء، وطالما تمسكت هذه الفصائل بالثوابت الشرعية والأجندة الوطنية.
- الاعتماد على الإمكانيات الذاتية والموارد الشخصية في تأمين متطلبات العمل القتالي (الجهادي)، إضافة إلى ما يمكن الحصول عليه من دعم "المسلمين والمؤمنين الصادقين" بما لا يتعارض مع الثوابت الشرعية والوطنية.
- اعتماد مبدأ الكتمان والسرية في تخطيط وتنفيذ العمليات القتالية، مع توثيقها تحريريا.
- عدم جواز التعامل مع المحتل سواء بالوظيفة أو البيع أو الشراء بصورة مباشرة أو غير مباشرة؛ لكون ذلك يدخل في باب إعانة الكافر المحتل وتحسين صورته القبيحة في أعين الناس.
- عدم الانخراط في لعبة العملية السياسية؛ لكونها باطلة شرعا وقانونا في ظل الاحتلال، ولا يجوز إجراء أي حوار أو لقاء أو مهادنة أو مفاوضة مع المحتل إلا من قبل السلطان الشرعي أو من يخوله.
- مواصل المعارك من أجل وحدة العراق أرضاً وشعباً؛ من أجل الحفاظ على هويته العربية والإسلامية، ورفض أي مشروع يهدف وينال من وحدة الأراضي العراقية، سواء منها الفدرالية أو غيرها من المسميات الأخرى التي تهدف لتقسيم بلاد الرافدين.
- القتال حتي تحرير آخر شبر من أرض العراق وإعادته إلى أهله وأمّته العربية.
يتخذ هذا الجيش كنماذج جهادية، ثورة السنوسيين في ليبيا، ورمزها الشيخ عمر المختار، وثورة الأمير عبد القادر الجزائري الحسني في الجزائر- شيخ الطريقة القادرية- ضد الفرنسيين وما تبعها من ثورات متتالية قام بها أتباع الطريقة القادرية من بعد نفيه إلى الشام، وأيضاً أحمد عرابي باشا الثائر المصري على الإنجليز، كان صوفيا على الطريقة اليافعية، وهناك مثال آخر هو الإمام شامل النقشبندي في داغستان والشيشان الذي ثار ضد روسيا القيصرية.