وليس مستغربا دفاع الظواهري عن جماعة الإخوان المسلمين، فلطالما وصف نفسه أحد التلاميذ النجباء لـسيد قطب، المنظر الأدبي لجماعة الإخوان الارهابية، وكما أكد في كتابه "فرسان تحت راية النبي" أن أفكار سيد قطب ودعوته، إنما تمثل بداية تشكل نواة الحركة "الجهادية" المعاصرة، والتي انبثقت عنها جماعة الجهاد المصرية التي انتسب إليها الظواهري.

ومما جاء في كتابه حول ذلك قال الظواهري: "قد كان للأستاذ سيد قطب – رحمه الله - والمجموعة التي التفت حوله فضل كثير بعد فضل الله في مجالين، الأول وهو المجال العقائدي، حيث أكد سيد قطب على مدى أهمية قضية التوحيد في الإسلام وأن المعركة بين الإسلام وأعدائه هي في الأصل معركة عقائدية حول التوحيد، أو حول لمن يكون الحكم والسلطان، لمنهج الله ولشرعه أو للمناهج الأرضية والمبادئ المادية أو لمدعي الوساطة بين الخالق وخلقه، وكان لهذا التأكيد أثره الواضح في معرفة الحركة الإسلامية لأعدائها وتحديدها لهم، وإدراكها أن العدو الخارجي لا يقل خطورة عن العدو الداخلي، بل إنه الأداة التي يستخدمها العدو الخارجي، والستار الذي يحتمي وراءه في شن حربه على الإسلام".

وتابع  الظواهري حديثه حول منافع سيد قطب على ما وصفه بالثورة الإسلامية الجهادية قائلا: "المجال الثاني هو المجال العلمي حيث قررت المجموعة الملتفة حول سيد قطب، أن توجه ضرباتها ضد النظام القائم باعتباره نظاما معاديا للإسلام خارجا عن منهج الله، ورافضا للتحاكم إلى شرعه... وهذا يعني أن الحركة الإسلامية قد بدأت خوض حربها ضد النظام باعتباره عدوا للإسلام بعد أن كانت أدبيتها ومبادئها من قبل – التي لا يزال بعضهم يرددها إلى اليوم - تؤكد على أن عدو الإسلام هو العدو الخارجي فقط وهكذا كان للأستاذ سيد قطب وللمجموعة الملتفة حوله فضل السبق في هذين المجالين".

وأضاف زعيم القاعدة: "قد كانت ومازالت دعوة سيد قطب إلى إخلاص التوحيد لله والتسليم الكامل لحاكمية الله ولسيادة المنهج الرباني شرارة البدء في إشعال الثورة الإسلامية ضد أعداء الإسلام في الداخل والخارج... ذلك الطريق الذي كان للأستاذ سيد قطب دور كبير في توجيه الشباب المسلم إليه في النصف الثاني من القرن العشرين في مصر خاصة والمنطقة العربية عامة.. وظن النظام الناصري أن الحركة الإسلامية قد تلقت ضربة قاضية بقتل الأستاذ سيد قطب ورفاقه.. ولكن الهدوء الظاهري على السطح كان يخفي تفاعلا فوارا مع أفكار سيد قطب ودعوته وبداية تشكل نواة الحركة الجهادية المعاصرة في مصر وهكذا تكونت نواة الجماعة التي انتمى إليها كاتب هذه السطور، جماعة الجهاد".