أكد تقرير أمريكا علي أن جماعة الإخوان انقسمت بالفعل هيكليا إلي قسمين يتبنى احدهم ويمارس العنف والارهاب  وقال تقرير نشره معهد واشنطن لسياسيات الشرق الادني أن الجماعة انقسمت إلى تكتّلين ولكل تكتل هيكليته التنظيمية المستقلة وآراؤه المختلفة حول كيفية التعامل مع الأوضاع الراهنة، إذ يعتقد أحدهما بضرورة أن تجابه الجماعة بالطرق السلمية، بينما يطالب الآخر بمسارٍ ثوري يشرّع العنف. 

ومما جاء في التقرير الذى كتبه  "أنيت رانكو" هي الممثلة المقيمة عن "مؤسسة كونراد أديناور" في الأردن وزميلة باحثة سابقة في "المعهد الألماني للدراسات الدولية والمناطقية".و" محمد ياغي" زميل باحث ومدير مشروع في مؤسسة "كونراد أدناور".  بعد الإطاحة بمرسي وسط الاحتجاجات الشعبية وفي هذه الأثناء، أعلنت الدولة "جماعة الإخوان المسلمين" تنظيمًا إرهابيًا وصادرت أصولها وممتلكاتها، بما في ذلك 1225 جمعية خيرية و105 مدارس و83 شركة و43 مستشفى ومركزَين طبيين كبيرين.وكان لهذا وقعٌ وخيمٌ على الهيكلية التنظيمية للجماعة. ومع تعطّل مؤسسات "الإخوان المسلمين"، أصبحت التساؤلات عن الشخص الذي ستُسند إليه قيادة الجماعة محط جدال رئيسي أدّى إلى انبثاق كتلتين متخاصمتين تتنافسان على الأتباع وعلى الحق في استخدام اسم المنظمة. تشمل الكتلة الأولى ما تبقّى من قيادات الجماعة التي كانت موجودة قبل عام 2013 ويرأسها ثلاثة رجال هم المرشد العام بالتكليف محمود عزت – وهو مجهول المكان – والأمين العام محمود حسين المقيم في تركيا والأمين العام للتنظيم الدولي ابراهيم منير المقيم في لندن. ولا يزال أعضاء هذه الكتلة يعتبرون مكتب الإرشاد ومجلس الشورى الهيئتين الشرعيتين لجماعة الإخوان المسلمين، ويعتقدون أنه من المستحيل إجراء انتخابات داخلية جديدة في ظل البيئة الأمنية الراهنة في مصر. وربما أهم ما في هذه الكتلة هو أنها تسيطر على الأصول الخارجية للمنظمة.أما الكتلة الثانية فأنشأت هيكلية تنظيمية جديدة في عام 2014 ورسّختها في عام 2016. وانشقّت هذه الكتلة في البداية تحت إمرة محمد كمال (قُتل في عام 2016) ومحمد طه وهدان (الذي سُجن  عام 2015) وعلي بطيخ (المقيم في تركيا منذ عام 2015). ويستند أعضاء هذه الكتلة إلى نظام الجماعة الداخلي ليجادلوا بأنه لا يحق لمكتب الإرشاد ومجلس الشورى الانعقاد والعمل إلا بحضور نصف مسؤوليهم على الأقل. وبما أن هذا الأمر بات مستحيلاً أعلنت هذه الكتلة عن انحلال الهيئتين القديمتين وأجرت داخل مصر انتخابات بدأت من المستويات الدنيا صعودًا من أجل انتخاب هيئتين جديدتين عام 2016. كما أقامت مكتبًا لها في تركيا لتسيير شؤون الجماعة خارج مصر، ويرأس المكتب المدعو أحمد عبد الرحمن.ومنذ حصول هذا الانقسام وكل كتلةٍ تندد مرارًا بالكتلة الأخرى باعتبارها غير شرعية وتصرّح أن كبار مسؤوليها لم يعودوا من "الإخوان"، حتى أنه بات لكل كتلة ناطقٌ رسمي خاص وموقع إلكتروني خاص يدّعي أنه الممثل الرسمي للجماعة مع ذلك، تعتبر كلتاهما أن مرسي هو الرئيس الشرعي لمصر وأن محمد بديع الموجود حاليًا في السجن هو المرشد العام للجماعة.!!

وقال التقرير يتمحور الانقسام الإيديولوجي داخل جماعة "الإخوان المسلمين" حول مسألة استخدام العنف. فالكتلة التي يرأسها عزّت دعت أعضاءها إلى السلمية مشددةً بيد أن الكتلة الثانية ابتعدت عن هذا وسعت إلى إظهار "الإخوان المسلمين" في حلة جديدة كحركة ثورية – حركة مخوّلة لاستخدام التكتيكات العنيفة ضد الحكومة إذا لزم الأمر. ولم تستند في تشريع العنف على مفهوم "التكفير" الجهادي الذي يصنّف المسلمين الآخرين بالكفار، إنما استخدمت مفهوم "القصاص" المذكور في الشريعة الإسلامية انطلاقًا من فتوى صدرت عام 2015 وأجازت استخدام العنف. ويشار إلى أن هذه الفتوى موقعة من قبل 150 علّامة إسلامي، ومن بينهم شخصيات إقليمية تنتمي إلى "الإخوان المسلمين" (مثل أحمد الريسوني، وهو المؤسس الشريك لـ"حزب العدالة والتنمية" في المغرب، وعبد المجيد الزنداني، وهو مؤسس حزب "التجمع اليمني للإصلاح")، وبعضهم الآخر دعاة وأساتذة جامعيون (أمثال حمدي أرسلان في تركيا وصلاح القادري في ماليزيا) أو ممثلون عن منظمات إسلامية موالية لجماعة "الإخوان المسلمين" (على غرار حسين حلاوة أمين عام "المجلس الأوروبي للإفتاء والبحوث").وغيرهم 

ويمكن القول على وجه الخصوص إن مفهوم "القصاص" الذي تتبناه الكتلة المنشقة يجيز قتل عناصر الأمن التابعين للدولة والقضاة وحتى الصحفيين الذين يشاركون - في التحريض ضد الجماعة.- كما يتحججون -  فأعضاء تلك الكتلة يعتبرون أنه يجب تطبيق القصاص على الفور وبأيديهم عوضًا عن اللجوء إلى القضاء.

وباستناد هذه الكتلة الثورية إلى مفهومَي القصاص فإنها فتحت المجال أمام التعاون مع تنظيمات أخرى من أجل الوقوف بوجه الحكومة. وبالفعل، انبثقت عدة تنظيمات معارضة مسلحة عن الاندماج بين أعضاء من "الإخوان المسلمين" وشخصيات أخرى، ومنها "لجان المقاومة الشعبية" وحركة "العقاب الثوري" – وقد استهدفت هذه التنظيمات الجهاز الأمني والبنية التحتية المحلية (كشبكات الكهرباء). هذا وتوفّرت أدلة على عمليات مشتركة بين أعضاء الكتلة الثورية وتنظيمَي "حسم" و"لواء الثورة" المصّنفين على لائحة الإرهاب الأمريكية.

وعلاوةً على الدور الذي تؤديه إيديولوجيا الكتلة الثورية، تسهم لامركزية هيكليتها القيادية في تسهيل إقامة هذه الروابط، إذ لم يعد الأعضاء بحاجة إلى الحصول على إذن مسبق من القيادة للتحرك على الأرض طالما أن أعمالهم تتماشى مع الرؤية العامة للكتلة.

وجاء في ختام التقرير انه  من المستبعد أن يصل الصراع بين كتلتَي "الإخوان المسلمين" السلمية والثورية إلى حلٍ قريبًا. فالأولى تجادل أن الكتلة الثانية تنحرف عن تقاليد الجماعة السلمية وحريٌّ بها تشكيل منظمة جديدة خاصة بها، بينما تنهمك الكتلة الثورية في وضع نسخة جديدة عن إرث مؤسس "الإخوان المسلمين" حسن البنا، مسلّطةً الضوء على الفترات المسلحة في تاريخه وتاريخ الجماعة.