وكان الأفغاني يصرخ بالمساواة، فسأله ناصر الدين خسرو، شاه إيران: "أيصح أن أكون - يا حضرة السيد - وأنا ملك ملوك الفرس، كأحد أفراد الفلاحين؟"، فرد جمال الدين الأفغاني: "اعلم يا حضرة الشاه، أن تاجك وعظمة سلطانك وقوائم عرشك، ستكون - بالحكم الدستوري - أعظم وأثبت ممّا هي الآن، ولا شك يا عظمة السلطان أنك رأيت وقرأت عن أمة استطاعت أن تعيش دون أن يكون على رأسها ملك، ولكن هل رأيت ملكاً عاش دون أمة ورعيّة؟!"، [عبد الرحمن الرافعي – جمال الدين الأفغاني باعث نهضة الشرق – صـ212]، ويمضي الأفغاني محرّضاً: "أنت أيها الفلاح المسكين، تشق قلب الأرض لتستنبت منها ما يسدّ الرمق ويقيم أود العيال، فلماذا لا تشق قلب ظالمك؟!، لماذا لا تشق قلب الذين يأكلون ثمرة أتعابك؟!"، وأيضاً القول: "لو أن كل واحد من هذه الشعوب بصق بصقة واحدة، وبصقوها معاً، لتكوَّن منها بحر هائل أغرق كل الطغاة"، ثم يـأتي إلى ميدان التجديد في الدين، فيعلن - في شجاعته نادرة في زمانه - "إن الدين يجل عن معارضة العلم، فإن وقعت المعارضة وجب تأويل النص"، ويصيح على صفحات العروة الوثقى: "لقد فسد الإسلام بالجهل بتعاليمه الصحيحة عبر الأجيال، ولا بدّ من ثورة لإصلاحه وإلا واجه المسلمون الهلاك، إن أخطاء القرون الماضية ومساوءها إنما حصلت نتيجة سوء فهم جوهر العقيدة كما احتواها القرآن والسنة، فالإسلام - في جوهره - دين عقلاني يدعو إلى تحرير العقول من الخرافات، ويفتح الباب واسعاً أمام العلم، وعلى المسلمين - إذا أرادوا الخروج من كهوف التخلف والانحطاط - أن يأخذوا من أوروبا ما ينفعهم من العلوم الحديثة"، وأيضاً قوله: "إن التعاليم الأصلية للإسلام تعطي للمسلمين حق الثورة ضد حكامهم الطغاة"، ثم ها هو يتحدّى الجميع قائلاً: "إن الشرائع تتغير بتغيّر الأمم"، [الدكتور محمد كامل ضاهر – الصراع بين التيارين الديني والعلماني – صـ154]، وبطبيعة الحال هاج عليه شيوخ الأزهر وحرضوا تلاميذهم ضده، فهاجموا مجالسه واعتدوا عليها، فاتّخذ لنفسه سكناً سريّاً في "دار الفوال" بخان أبي طاقية، ومع ذلك لحق به طلاب الأزهر، وفيما هو يخرج من بيته - في نفر من تلاميذه - اعتدوا عليهم بالعصيّ وآذوهم إيذاء شديداً، ووصل الأمر بالأفغاني إلى أن بدأ في تشكيل جمعية سرية، كان من أهدافها اغتيال الخديو إسماعيل باشا، وهو أمر أكده الشيخ محمد عبده" [Engish Occupation of Egypt – p.489 Blunt – Secert History of]. 

وأخيراً يصدر بيان رسمي يقول: "إن جمال الدين الأفغاني كان رئيس جمعية سرية من الشبان ذوي الطيش، مجتمعة على فساد الدين والدنيا، وقد تقرّر طرده من مصر"، وفيما يتجه الأفغاني إلى السويس ليبحر من هناك - ومعه تابعه عارف أبو تراب، حاملاً صرّة ملابسه - تقدم إليه القنصل البريطاني عارضاً مساعدة مادية، فقال الأفغاني مترفّعاً: "كلاّ يا حضرة القنصل، إن الأسد لا يعدم فريسة".